当铁路工程监理公司在设计文件中发现冲突或矛盾时，他们通常会采取以下步骤来进行处理：

1. **识别问题：** 首先，监理公司会仔细审查设计文件，识别出存在的冲突或矛盾。这可能涉及到不同部分之间的矛盾，或者与项目要求或技术规范之间的冲突。

2. **评估影响：** 监理公司会评估这些冲突或矛盾对工程的影响，包括可能造成的安全风险、质量问题或延误。

3. **寻找解决方案：** 接下来，监理公司会与相关设计单位和业主协商，共同寻找解决方案。可能的解决方案包括修改设计文件、重新设计某些部分、调整施工流程等。

4. **制定计划：** 一旦确定了解决方案，监理公司会制定详细的计划，包括责任分工、实施时间表、变更管理等，以确保问题得到妥善解决。

5. **跟踪和监督：** 在解决问题的过程中，监理公司会持续跟踪和监督各方的工作，确保解决方案得以有效实施，并监测是否引入了新的问题或风险。

6. **记录和报告：** 监理公司会记录所有的冲突处理过程，包括问题的识别、解决方案的制定和实施情况，以及最终的结果。这些记录将包括在监理报告中，以供业主和相关方参考。

通过这些步骤，铁路工程监理公司可以有效地处理设计文件中存在的冲突或矛盾，确保工程顺利进行并达到预期的质量标准。