铁路工程甲级监理公司在识别出存在的冲突或矛盾时，通常会进行以下步骤：

1. **仔细审查文件：** 监理公司会对设计文件进行仔细审查，包括施工图纸、设计说明、技术规范等，以寻找可能存在的冲突或矛盾。他们会逐个比对各个部分的内容，确保一致性和逻辑性。

2. **对比不同部分：** 监理公司会对比不同部分的内容，例如结构设计和电气设计之间的关联性，以及不同工序之间的配合情况，以找出潜在的冲突或矛盾点。

3. **与设计单位和业主沟通：** 一旦发现了潜在的冲突或矛盾，监理公司会与设计单位和业主进行沟通，明确各自的设计意图和要求，以便更好地理解文件中存在的问题。

4. **专业意见和知识咨询：** 监理公司的专业人员会提供他们的专业意见和知识咨询，帮助解决冲突或矛盾。他们可能会提出解决方案或建议进行修改，以确保设计文件的一致性。

5. **记录和报告：** 监理公司会记录所有识别出的冲突或矛盾，并详细描述它们的性质和影响。这些记录将包括在监理报告中，以便设计单位和业主了解问题的全貌，并采取相应的行动。

通过以上步骤，铁路工程甲级监理公司可以及时识别出存在的冲突或矛盾，并采取适当的措施来解决，以确保设计文件的一致性和质量。